拔萃書室是香港最早的男女混合學校,由天主教聖公會香港教區於1860年創辦。初時叫拔萃女子訓練學校,1869年更名拔萃之家及孤兒院,兼收男生。1878年開始,接受政府津貼,
成為津貼中學(School of Grant-in-aid Scheme)。1900年實行男女學生分校,將拔萃之家 改名為拔萃男書院,同時設立拔萃女書院。

拔萃男書院原校址在香港島般咸道(孫中山先生曾在此上學,現為般咸道官立小學),後於1926年遷至九龍。遷校初期,曾經於1927年短暫借用旺角警署之地。拔萃男書院創立初期為私校。回歸後,政府引入直接資助制度,拔萃男書院校董會最後決定,為減少所受的限制,
改為接受政府直接資助,於2003年轉為直接資助學校。